A FCT em vez de procurar ligar a ciência ainda mais às universidades procurou manter as universidades afastadas dos programas doutorais financiados pela FCT. Elas
apenas deviam, para a FCT, servir de "barrigas de aluguer" dos ditos programas. Naturalmente o CRUP (Conselho de Reitores) reagiu e aqui está a informação que já foi posta a circular na Universidade de Coimbra:
"No passado dia 11 de fevereiro, o CRUP, ao analisar a call para os Programas de Doutoramento FCT, decidiu por unanimidade:
1. Reafirmar a decisão, já tomada no ano anterior, de não subscrever declarações de compromisso relativamente a propostas que não tenham universidades como entidades proponentes;
2. Não subscrever declarações de compromisso nas situações em que o programa doutoral não esteja acreditado, não permitindo a candidatura de programas doutorais novos que, se aprovados para financiamento, seriam depois acreditados pela A3ES.
O CRUP fundamenta a decisão enunciada no ponto 2 com base nas seguintes razões:
a) No quadro deste processo de financiamento tende a privilegiar-se a criação de programas doutorais muito especializados, em detrimento de programas doutorais de banda larga, em áreas científicas fundamentais;
b) A disponibilização de bolsas para os programas doutorais especializados foi feita à custa de uma brutal redução do número de bolsas disponíveis para os outros programas doutorais, resultando não só na quase inviabilização de doutoramentos em áreas científicas fundamentais, como na incapacidade das universidades atrairem e manterem muitos alunos brilhantes, fora das áreas especializadas financiadas, por falta de bolsa;
c) A FCT não pode transformar de forma tão profunda a oferta de programas doutorais das universidades portuguesas. Esta não pode ser essencialmente constituída por programas doutorais muito focados, cuja vigência pode ser de apenas alguns anos, pois no concurso seguinte são provavelmente outros que são aprovados. As áreas de doutoramento fundamentais têm de se manter como espinha dorsal da oferta de 3º ciclo;
d) A própria A3ES veio a verificar que, na prática, não podia acreditar todos os programas doutorais aprovados no concurso de 2013, em virtude de muitos dos requisitos de um programa doutoral não serem tidos em conta no processo de seleção da FCT. Por exemplo, a FCT não se preocupou em garantir que, quando um aluno se inscreve num determinado programa doutoral, recebe no final um diploma com a mesma designação desse programa doutoral, e aprovou muitos casos em que esta condição não é preenchida;
e) A criação de um programa doutoral deve ser decidida com base numa análise de viabilidade que esteja para além da concessão ou não de um pacote de bolsas pela FCT, até porque em muitos casos o pacote é muito reduzido."
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